Gastroscopia și colonoscopia sunt cele mai indicate investigații în cazul afecțiunilor gastrice. Cu ajutorul unui endoscop subțire și flexibil, care are atașat la unul din capete o cameră video cu o sursă de lumină se poate evalua mucoasa gastrică, se poate recolta fără durere probă de țesut și se pot efectua intervenții terapeutice, cum ar fi extragerea de polipi sau hemostaza.

În cadrul gastroscopiei se urmărește suprafața mucoasei esofagului, a stomacului și a duodenului. Această examinare este recomandată în special pacienților care simt o durere intensă/localizată în partea superioară a abdomenului, posibil însoțită de greață și vărsături, lipsa poftei de mâncare, scăderi neintenționate în greutate sau hemoragie digestivă superioară.

Colonoscopia face posibilă investigarea rectului, a colonului, precum și a joncțiunii dintre colon și intestinul subțire. Această procedură este utilă pentru depistarea polipilor și a cancerului colorectal, ulcerațiilor și hemoragiilor. În cazul leziunilor suspecte, în timpul exăminarii se practică și biopsia.